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定量基因组学

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18betapp/ 定量基因组学
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我们所做的

源自Janelia完成的方法和成员Neuroseq团队项目,定量基因组学为细胞隔离,转录组和表观遗传分析提供专家服务,并使用来自Illumina的下一代测序平台从头开始基因组组装。我们的目标是为专家和新手提供高素质基因组分析的快速发展技术的门户。从实验设计到数据分析,我们准备在项目的任何阶段帮助Janelians。

节点:身体|Entity_field

设备

  • Illumina NextSeq 2000
  • Illumina Miniseq
  • 10倍基因组铬单细胞控制器
  • 3 Leica荧光解剖显微镜
  • 安捷伦生物分析仪2100
  • Sage HLS HMW库系统
  • Biorad Chef Mapper PFGE系统

资源

下一代测序

我们的设施使用Illumina NextSeq 550和Miniseq平台提供下一代测序(NGS)。技术资源可用于NG的各个方面,包括细胞隔离,核酸纯化,图书馆构造,样品条形码和有限的数据分析。

我们的研究专家专家员工为样品和图书馆准备以及质量控制提供服务,培训和设备。该团队还提供技术帮助,以开发用于细胞捕获/隔离,自定义图书馆准备和条形码方案的新方法。

为我们带来您最喜欢的方法或新方法的疯狂想法(例如标记图),我们将与您合作,实现从样本到序列的强大管道。我们可以使用具有挑战性的样本和大多数核心测序实验室都无法接受的材料量。

数据处理

目前,我们正在提供有限的数据分析,并期望大多数此资源用户都能处理我们生产的原始序列数据。

对于所有NGS工作,我们提供了RAW Sequence File(FASTQ),FASTQC读取质量报告显示了测序运行的性能以及相关的运行指标,例如De-Multiplexing Report。

对于转录组分析,我们有一个基本的分析管道,用于衔接子修剪,读取比对(Star)和基因表达估计(RSEM)。我们有果蝇(第6版),小鼠(MM10)和斑马鱼(Danrer11)的稳定基因组参考和注释集,并且可以根据需要帮助确定其他物种的适当参考注释。我们提供对齐的读取(BAM),基因表达表(计数,FPKM和TPM),以及其他信息,例如ERCC Spike-In性能。

我们也可以执行基本从头基因组组装,适用于质粒和大型人类大小的基因组(如质粒)的序列。夏威夷伞菌。我们可以帮助进行转录组组件,基因预测和特征注释,以创建一个不存在的参考组件和注释集。

我们可以将数据的Terabytes传输到云(Amazon,Dropbox)或您的合作者。当发布您的结果时,我们可以帮助准备数据以提交在线数据库,例如NCBI Gene表达式Omnibus(GEO)。