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定量基因组学

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我们做什么

源自 Janelia 完成的方法和成员神经序列团队项目,定量基因组学为细胞分离、转录组和表观遗传学分析以及使用 Illumina 下一代测序平台的从头基因组组装提供专家服务。我们的目标是为专家和新手提供快速发展的高含量基因组分析技术的门户。从实验设计到数据分析,我们准备在项目的任何阶段帮助 Janelians。

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设备

  • Illumina NextSeq 550
  • Illumina MiniSeq
  • 10X 基因组学铬单细胞控制器
  • 3 Leica 荧光解剖显微镜
  • 安捷伦生物分析仪 2100
  • Covaris E220 声波发生器

资源

下一代测序

我们的设施使用 Illumina NextSeq 550 和 MiniSeq 平台提供下一代测序 (NGS)。技术资源可用于 NGS 的所有方面,包括细胞分离、核酸纯化、文库构建、样本条形码和有限的数据分析。

我们由研究专家组成的专业人员为样本、库准备和质量控制提供服务、培训和设备。该团队还为开发细胞捕获/隔离、自定义库准备和条形码方案的新方法提供技术援助。

给我们带来你最喜欢的方法或新方法的疯狂想法 (例如标签地图) 我们将与您合作,实现从样本到序列的强大管道。我们可以处理具有挑战性的样本,并限制大多数核心测序实验室不会涉及的材料数量。

数据处理

此时,我们提供有限的数据分析,期望该资源的大多数用户能够处理我们产生的原始序列数据。

对于所有 NGS 工作,我们提供原始序列文件 (fastq) 、显示排序运行性能的 fastQC 读取质量报告以及相关运行指标,如去复用报告。

对于转录组分析,我们有一个用于适配器修剪、读取比对 (STAR) 和基因表达估计 (RSEM) 的基本分析管道。我们为果蝇 (6 版) 、小鼠 (mm10) 和斑马鱼 (danRer10) 提供了稳定的基因组参考和注释集,并可以根据需要帮助确定其他物种的适当参考注释。我们提供了对齐的 reads (bam) 、基因表达表 (计数、 FPKM 和 TPM) 以及额外的信息,如 ERCC 峰值性能。

我们也可以执行 basic从头开始基因组组装的序列小至质粒,大至人类大小的基因组,如半夏威夷。我们可以帮助转录组组装、基因预测和特征注释创建一个不存在的参考组装和注释集。

我们可以将万亿字节的数据传输到云 (亚马逊、 Dropbox) 或您的合作者。当发布您的结果时,我们可以帮助准备提交给在线数据库的数据,如 NCBI 序列读取档案 (SRA) 和基因表达综合数据库 (GEO)。