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实验室更新

07/25/18 | 了解约翰Bogovic的新果蝇大脑和腹侧神经索的无偏模板.所有资源都是可用的在这里
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目前的研究
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尺度神经连接重建

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大脑的中枢黑腹果蝇由10万个左右的神经元组成,大小约为500×400×200 μm3..单个的神经元可以跨越数个100 μm的距离,但它们单个的投影直径可以薄到40 nm。今天,只有电子显微镜(EM)能够提供足够的空间分辨率、视场和吞吐量的组合来整体成像这样大小的生物神经系统,并有可能重建完整的接线图。在Janelia,我们使用两种互补的EM成像技术,(1)串联块面扫描结合离子束铣削(FIB-金博宝188登录SEM,赫斯实验室FlyEM项目团队),生成各向同性的图像数据,分辨率通常为8纳米3.(2)串行分段传输成像(ssTEM,金博宝188登录一杯啤酒羁绊)生成的非各向同性图像数据通常为4×4×40 nm3.每体素。在这个决议中,一个果蝇大脑有40 ~ 80万亿体素。

电子显微镜(EM)图像的连通性分析需要高效的自动化和手工校对。目前最先进的自动图像分析方法对数据质量要求很高,需要在合理的时间内提供满意的结果。然而,FIB-SEM和system都有自己的一套准备和成像工件,使得自动和手动重建成为一项艰巨的任务。金博宝188登录我们正在开发新的自动方法和用户界面,以补偿这些伪影,并从受损数据和互补成像模式实现高质量的自动连接重建。金博宝188登录为了应对项目的规模,我们非常重视软件设计,重点关注效率、可伸缩性和可重用性。